Start line:  
End line:  

Snippet Preview

Snippet HTML Code

Stack Overflow Questions
  /* 
   *  Copyright or © or Copr. Ecole des Mines d'Alès (2012-2014) 
   *  
   *  This software is a computer program whose purpose is to provide 
   *  several functionalities for the processing of semantic data 
   *  sources such as ontologies or text corpora.
   *  
   *  This software is governed by the CeCILL  license under French law and
   *  abiding by the rules of distribution of free software.  You can  use, 
  *  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL
  *  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  *  "http://www.cecill.info". 
  * 
  *  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  *  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  *  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  *  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  *  liability. 
 
  *  In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated
  *  with loading,  using,  modifying and/or developing or reproducing the
  *  software by the user in light of its specific status of free software,
  *  that may mean  that it is complicated to manipulate,  and  that  also
  *  therefore means  that it is reserved for developers  and  experienced
  *  professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore
  *  encouraged to load and test the software's suitability as regards their
  *  requirements in conditions enabling the security of their systems and/or 
  *  data to be ensured and,  more generally, to use and operate it in the 
  *  same conditions as regards security. 
  * 
  *  The fact that you are presently reading this means that you have had
  *  knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms.
  */
 package slib.graph.io.loader.annot;
 
Class used to load annotation file: XXXX1[TAB]c1;c2;c3 XXXX2[TAB]c2;c3 ... To each line is associated an entry defining a key and a set of annotations separated by ';'. As an example the first line XXXX1[TAB]c1;c2;c3 will lead to the creation of three statements: XXXXX1 RDF.TYPE c1
XXXXX1 RDF.TYPE c2
XXXXX1 RDF.TYPE c3
By default the semantic relationship is RDF.TYPE. Prefixes can also be defined for the subjects and the objects of the statements created.

Author(s):
Sébastien Harispe <sebastien.harispe@gmail.com>
 
 public class GraphLoader_TSVannot implements GraphLoader {
 
     public final static String PARAM_HEADER = "header";
     public final static String PARAM_PREFIX_SUBJECT = "prefixSubject";
     public final static String PARAM_PREFIX_OBJECT = "prefixObject";
     public final static String PARAM_PREDICATE = "predicate";
     boolean skipHeader = false;
     URIFactoryMemory uriRepo = URIFactoryMemory.getSingleton();
     Character pattern = '\t'// the one used
     G g;
     Logger logger = LoggerFactory.getLogger(this.getClass());
     URI predicate = .;
     String prefixSubject = null;
     String prefixObject = null;
     Pattern colon = Pattern.compile(":");
 
     @Override
     public void populate(GDataConf confG gthrows SLIB_Exception {
 
         .info("-------------------------------------");
         .info("Loading Annotations using TSV loader.");
         .info("-------------------------------------");
 
         this. = g;
 
         loadConf(conf);
         loadTSV(conf.getLoc());
         .info("TSV specification loaded.");
         .info("-------------------------------------");
     }
    private void loadConf(GDataConf confthrows SLIB_Ex_Critic {
        String header = (Stringconf.getParameter();
        String prefixSubjectParam = (Stringconf.getParameter();
        String prefixObjectParam = (Stringconf.getParameter();
        String predicateParam = (Stringconf.getParameter();
        if (header == null || Util.stringToBoolean(header) == true) {
             = true;
        }
        if (predicateParam != null) {
            try {
                 = .getURI(predicateParam);
            } catch (IllegalArgumentException e) {
                throw new SLIB_Ex_Critic("Error in data loader, parameter " +  + ", cannot create an URI from " + predicateParam + "\n" + e.getMessage());
            }
        }
        if (prefixSubjectParam != null) {
             = prefixSubjectParam;
        }
        if (prefixObjectParam != null) {
             = prefixObjectParam;
        }
        .info("file            " + conf.getLoc());
        .info("Skipping header " + );
        .info("predicate       '" +  + "'");
        if ( != null) {
            .info("prefix subject  '" +  + "'");
        }
        if ( != null) {
            .info("prefix object   '" +  + "'");
        }
    }
    public void loadTSV(String fileLocthrows SLIB_Ex_Critic {
        try {
            CSVReader csvReader = new CSVReader(new FileReader(fileLoc), '\t');
            String[] row;
            String subjectLocalName;
            String[] data;
            URI so;
            int skipped = 0;
            int statementsLoaded = 0;
            int processed = 0;
            while ((row = csvReader.readNext()) != null) {
                if () {
                     = false;
                } else if (row.length == 2) {
                    subjectLocalName = row[0];
                    data = row[1].split(";");
                    if ( == null) {
                        s = .getURI(subjectLocalName);
                    } else {
                        s = .getURI( + subjectLocalName);
                    }
                    for (String os : data) {
                        if ( == null) {
                            o = .getURI(buildURIString(os));
                        } else {
                            o = .getURI( + os);
                        }
                        E edge = new Edge(so);
                        .addE(edge);
                        statementsLoaded++;
                    }
                    processed++;
                } else {
                    skipped++;
                }
            }
            csvReader.close();
            .info("Number of lines skipped   " + skipped);
            .info("Number of lines processed " + processed);
            .info("Number of statements loaded " + statementsLoaded);
        } catch (Exception e) {
            throw new SLIB_Ex_Critic("Error processing file " + fileLoc + "\n" + e.getMessage());
        }
    }
    private String buildURIString(String valuethrows SLIB_Ex_Critic {
        String info[] = getDataColonSplit(value);
        if (info != null && info.length == 2) {
            String ns = .getNamespace(info[0]);
            if (ns == null) {
                throw new SLIB_Ex_Critic("No namespace associated to prefix " + info[0] + ". Cannot load " + value + ", please load required namespace prefix");
            }
            return ns + info[1];
        } else {
            return value;
        }
    }
    private String[] getDataColonSplit(String value) {
        String data[] = .split(value);
        data[0] = data[0].trim();
        if (data.length > 1) {
            data[1] = data[1].trim();
        }
        return data;
    }
New to GrepCode? Check out our FAQ X