Start line:  
End line:  

Snippet Preview

Snippet HTML Code

Stack Overflow Questions
  /* 
   *  Copyright or © or Copr. Ecole des Mines d'Alès (2012-2014) 
   *  
   *  This software is a computer program whose purpose is to provide 
   *  several functionalities for the processing of semantic data 
   *  sources such as ontologies or text corpora.
   *  
   *  This software is governed by the CeCILL  license under French law and
   *  abiding by the rules of distribution of free software.  You can  use, 
  *  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL
  *  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  *  "http://www.cecill.info". 
  * 
  *  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  *  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  *  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  *  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  *  liability. 
 
  *  In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated
  *  with loading,  using,  modifying and/or developing or reproducing the
  *  software by the user in light of its specific status of free software,
  *  that may mean  that it is complicated to manipulate,  and  that  also
  *  therefore means  that it is reserved for developers  and  experienced
  *  professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore
  *  encouraged to load and test the software's suitability as regards their
  *  requirements in conditions enabling the security of their systems and/or 
  *  data to be ensured and,  more generally, to use and operate it in the 
  *  same conditions as regards security. 
  * 
  *  The fact that you are presently reading this means that you have had
  *  knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms.
  */
 package slib.graph.io.loader.utils.filter.graph.gaf2;
 
 import java.util.Set;

Author(s):
Sébastien Harispe <sebastien.harispe@gmail.com>
 
 public class FilterGraph_GAF2 extends FilterGraph {
 
     HashSet<Stringtaxons;
     HashSet<StringexcludedEC;

    

Parameters:
id
 
     public FilterGraph_GAF2(String id) {
         super(id.);
     }

    

Parameters:
conf
Throws:
slib.utils.ex.SLIB_Ex_Critic
 
     public FilterGraph_GAF2(Conf confthrows SLIB_Ex_Critic {
         super(conf);
 
         String taxids = (Stringconf.getParam(.);
         String ecids = (Stringconf.getParam(.);
 
         if (taxids != null) {
             addTaxons(Arrays.asList(taxids.split(",")));
         }
 
         if (ecids != null) {
             addECtoExclude(Arrays.asList(ecids.split(",")));
         }
 
     }

    

Parameters:
t
 
     public void addTaxons(String t) {
 
         if ( == null) {
              = new HashSet<String>();
         }
         .add(t);
     }

    

Parameters:
ec
 
     public void addECtoExclude(String ec) {
 
        if ( == null) {
             = new HashSet<String>();
        }
        .add(ec);
    }

    

Parameters:
t
    public void addECtoExclude(Collection<Stringt) {
        if ( == null) {
             = new HashSet<String>();
        }
        .addAll(t);
    }

    

Parameters:
t
    public void addTaxons(Collection<Stringt) {
        if ( == null) {
             = new HashSet<String>();
        }
        .addAll(t);
    }

    

Returns:
a set of string associated to the Taxons to filter
    public Set<StringgetTaxons() {
        return ;
    }

    

Returns:
a set of string associated to the Evidence Codes to filter
    public Set<StringgetExcludedEC() {
        return ;
    }
    @Override
    public String toString() {
        String out = super.toString();
        String taxonsRestrictions = "None";
        String excludedECs = "None";
        if ( != null) {
            taxonsRestrictions = .toString();
        }
        if ( != null) {
            excludedECs = .toString();
        }
        out += "\nTaxons    : " + taxonsRestrictions;
        out += "\nexcludeEC : " + excludedECs;
        out += "\n";
        return out;
    }
New to GrepCode? Check out our FAQ X