Start line:  
End line:  

Snippet Preview

Snippet HTML Code

Stack Overflow Questions
  package org.molgenis.data.vcf;
  
  import java.io.File;
  import java.util.Iterator;
  import java.util.Set;
  
 
 
 {
 	public static final String NAME = "VCF";
 	private static final String EXTENSION_VCF = "vcf";
 	private static final String EXTENSION_VCF_GZ = "vcf.gz";
 	static final Set<StringEXTENSIONS = ImmutableSet.of();
 
 	private final File file;
 	private final String entityName;
 
 	public VcfRepositoryCollection(File filethrows IOException
 	{
 		super();
 		if (file == nullthrow new IllegalArgumentException("file is null");
 		this. = file;
 
 		String name = file.getName();
 		if (name.endsWith())
 		{
 			this. = name.substring(0, name.lastIndexOf('.' + ));
 		}
 		else if (name.endsWith())
 		{
 			this. = name.substring(0, name.lastIndexOf('.' + ));
 		}
 		else
 		{
 			throw new IllegalArgumentException("Not a VCF file [" + file.getName() + "]");
 		}
 	}
 
 	{
 		return Collections.singleton();
 	}
 
 	public Repository getRepository(String name)
 	{
 		if (!.equals(name)) throw new MolgenisDataException("Unknown entity name [" + name + "]");
 		try
 		{
 			return new VcfRepository(name);
 		}
 		catch (IOException e)
 		{
 			throw new MolgenisDataException(e);
 		}
 	}
 
 	public String getName()
 	{
 		return ;
 	}
 
 	public Repository addEntityMeta(EntityMetaData entityMeta)
 	{
 		return getRepository(entityMeta.getName());
 	}
 
 	{
 		return new Iterator<Repository>()
 		{
 
 			public boolean hasNext()
 			{
 				return .hasNext();
 			}
 
 			public Repository next()
 			{
 				return getRepository(.next());
 			}
 
 		};
 	}
	public boolean hasRepository(String name)
	{
		if (null == namereturn false;
		Iterator<StringentityNames = getEntityNames().iterator();
		while (entityNames.hasNext())
		{
			if (entityNames.next().equals(name)) return true;
		}
		return false;
	}
New to GrepCode? Check out our FAQ X