Start line:  
End line:  

Snippet Preview

Snippet HTML Code

Stack Overflow Questions
  package dl.tmp;
  
  import java.io.FileReader;
  import java.io.FileWriter;
  
 
 public class bla {
 
 //		public static void main(String[] args) throws Exception {
 //
 //			BufferedReader iupac = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/resources/chebiIUPACnames.txt"));
 //			BufferedReader smiles = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/resources/chebismiles.txt"));
 //			BufferedWriter outputiupac = new BufferedWriter(
 //					new FileWriter(
 //							"C:/My Documents/OPSIN/outiupac.txt"));
 //			BufferedWriter outputsmiles = new BufferedWriter(
 //					new FileWriter(
 //							"C:/My Documents/OPSIN/outsmi.txt"));
 //			try {
 //				String line = null;
 //				while ((line = smiles.readLine()) != null) {
 //					String smilesStr =line;
 //					String iupacName =iupac.readLine();
 //					if (!smilesStr.contains("*")){
 //						outputiupac.write(iupacName +"\n");
 //						outputsmiles.write(smilesStr + "\n");
 //					}
 //				}
 //			} finally {
 //				iupac.close();
 //				smiles.close();
 //				outputiupac.close();
 //				outputsmiles.close();
 //			}
 //		}
 	
 //	public static void main(String[] args) throws Exception {
 //		BufferedWriter output = new BufferedWriter(new FileWriter("C:/My Documents/OPSIN/resources/out.id"));
 //		BufferedReader compoundsFile = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream("C:/My Documents/NameSets/Chembridge/Trial_EXP_cam_0710.sdf")));
 //		String cLine=compoundsFile.readLine();
 //		while(cLine != null) {
 //			if(cLine.startsWith(">  <ID>")){
 //				output.write(compoundsFile.readLine());
 //				output.write("\n");
 //			}
 //			cLine = compoundsFile.readLine();
 //		}
 //		output.close();
 //	}
 
 	
 //	public static void main(String[] args) throws Exception {
 //		BufferedReader inchi = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/resources/out.inchi"));
 //		BufferedReader id = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/resources/out.id"));
 //		BufferedWriter output = new BufferedWriter(
 //				new FileWriter(
 //						"C:/My Documents/OPSIN/chembridgeNamesAndInChIs.txt"));
 //		try {
 //			String line = null;
 //			while ((line = inchi.readLine()) != null) {
 //				output.write(line + "\t" +id.readLine()+"\n");
 //			}
 //		} finally {
 //			inchi.close();
 //			id.close();
 //			output.close();
 //		}
 //	}
 	
 //	public static void main(String[] args) throws Exception {
 //	BufferedWriter output = new BufferedWriter(new FileWriter("C:/My Documents/OPSIN/resources/nciDTP_NAMES.txt"));
 //	BufferedReader compoundsFile = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream("C:/My Documents/OPSIN/resources/NCI-Open_09-03.sdf")));
 //	String cLine=compoundsFile.readLine();
 //	while(cLine != null) {
 //		if(cLine.startsWith("> <DTP_NAMES>")){
 //			String nextLine = compoundsFile.readLine();
 //			while (!nextLine.equals("") && !nextLine.equals("(none)")){
 //				output.write(nextLine);
 //				output.write("\n");
 //				nextLine = compoundsFile.readLine();
 //			}
 //		}
 //		cLine = compoundsFile.readLine();
 //	}
 //	output.close();
 //}
 	
 //	public static void main(String[] args) throws Exception {
 //	BufferedReader cd = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/Papers/OPSIN June 2010/results/chembridge/chembridgeChemdraw12InChIs_ChemDrawModifiedNames.txt"));
 //	BufferedReader opsin = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/Papers/OPSIN June 2010/results/chembridge/chembridgeOPSIN0.8.0InChIs_ChemDrawModifiedNames.txt"));
 //	BufferedReader ref = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/Papers/OPSIN June 2010/results/chembridge/chembridgeStdInChIs.txt"));
 //	BufferedWriter output = new BufferedWriter(
//			new FileWriter(
//					"C:/My Documents/OPSIN/out2.txt"));
//	try {
//		String cdInchi = null;
//		while ((cdInchi = cd.readLine()) != null) {
//			String opsinInchi = opsin.readLine();
//			String[] refArray = ref.readLine().split("\t");
//			String refInchi = refArray[0];
//			if (!opsinInchi.equals("") && !cdInchi.equals("")){
//				if (!InchiPruner.mainAndChargeLayers(cdInchi).equals(InchiPruner.mainAndChargeLayers(refInchi))){
//					if (!InchiPruner.mainAndChargeLayers(opsinInchi).equals(InchiPruner.mainAndChargeLayers(refInchi))){
//						output.write( refArray[1] +"\t" +opsinInchi +"\n");
//					}
//					//output.write(refArray[0] + "\t" + cdInchi +"\t" + refInchi +"\t" + refArray[2]+"\n");
//				}
//			}
//		}
//	} finally {
//		cd.close();
//		opsin.close();
//		ref.close();
//		output.close();
//	}
//}
//	public static void main(String[] args) throws Exception {
//		Automaton a = new RegExp("a|"+'\u2592'+"|g").toAutomaton();
//		RunAutomaton ra = new RunAutomaton(a, true);
//		System.out.println(ra.getSize());
//		for (Character charac : ra.getCharIntervals()) {
//			System.out.println((int)charac);
//		}
//	}
//	public static void main(String[] args) throws Exception {
//	BufferedReader newres = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/out.inchi"));
//	BufferedWriter names = new BufferedWriter(new FileWriter("C:/My Documents/OPSIN/inchiFromSmiles.txt"));
//	try {
//		String newResLine = null;
//		while ((newResLine = newres.readLine()) != null) {
//			if (!newResLine.equals("")){
//				names.write(InchiPruner.mainChargeAndStereochemistryLayers(newResLine));
//			}
//			names.write("\n");
//		}
//	} finally {
//		newres.close();
//		names.close();
//	}
//}
//	public static void main(String[] args) throws Exception {
//	BufferedReader newInChIs = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/resources/deleteme.txt"));
//	BufferedReader oldInChIs = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/resources/nciDTP_NAMEShg_mod.inchi"));
//	BufferedReader ref = new BufferedReader(new FileReader("C:/My Documents/OPSIN/resources/nciDTP_NAMES.txt"));
//	BufferedWriter output = new BufferedWriter(
//			new FileWriter(
//					"C:/My Documents/OPSIN/resources/regression.txt"));
//	try {
//		String newInChI = null;
//		while ((newInChI = newInChIs.readLine()) != null) {
//			String oldInchi = oldInChIs.readLine();
//			String[] refArray = ref.readLine().split("\t");
//			String refName = refArray[0];
//			if (!oldInchi.equals("") && newInChI.equals("")){
//				System.out.println(refName);
//			}
//		}
//	} finally {
//		newInChIs.close();
//		oldInChIs.close();
//		ref.close();
//		output.close();
//	}
//}
	public static void main(String[] argsthrows ParsingExceptionNameToStructureException {
		String name = "(8S,9S,10R,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-((R)-6-methylheptan-2-yl)-2,3,4,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol";
		long startinit = System.currentTimeMillis();
		ParseRules pr = NameToStructure.getOpsinParser();
		long elapsedTimeMillisinit = System.currentTimeMillis()-startinit;
		..println(elapsedTimeMillisinit);
		long start = System.currentTimeMillis();
		for (int i = 0; i < 50000; i++) {
			pr.getParses(name);
		}
		long elapsedTimeMillis = System.currentTimeMillis()-start;
		..println(elapsedTimeMillis);
	}
New to GrepCode? Check out our FAQ X